解：（1）∠AFD=∠DCA．
证明：∵AB=DE，BC=EF，∠ABC=∠DEF，
∴△ABC≌△DEF，
∴∠ACB=∠DFE，
∴∠AFD=∠DCA；
（2）∠AFD=∠DCA（或成立），
理由如下：
方法一：由△ABC≌△DEF，得：
AB=DE，BC=EF（或BF=EC），∠ABC=∠DEF，∠BAC=∠EDF，
∴∠ABC﹣∠FBC=∠DEF﹣∠CBF，
∴∠ABF=∠DEC，
在△ABF和△DEC中，，
∴△ABF≌△DEC，∠BAF=∠EDC，
∴∠BAC﹣∠BAF=∠EDF﹣∠EDC，
∠FAC=∠CDF，
∵∠AOD=∠FAC+∠AFD=∠CDF+∠DCA，
∴∠AFD=∠DCA；
方法二：连接AD，
同方法一△ABF≌△DEC，
∴AF=DC，
∵△ABC≌△DEF，
∴FD=CA，
在△AFD和△DCA中，，
∴△AFD≌△DCA，
∴∠AFD=∠DCA；
（3）如图，BO⊥AD．
方法一：由△ABC≌△DEF，点B与点E重合，得∠BAC=∠BDF，BA=BD，
∴点B在AD的垂直平分线上，且∠BAD=∠BDA，
∵∠OAD=∠BAD﹣∠BAC，
∠ODA=∠BDA﹣∠BDF，
∴∠OAD=∠ODA，
∴OA=OD，点O在AD的垂直平分线上，
∴直线BO是AD的垂直平分线，即BO⊥AD；
方法二：延长BO交AD于点G，
同方法一，OA=OD，
在△ABO和△DBO中，，
∴△ABO≌△DBO，
∴∠ABO=∠DBO，
在△ABG和△DBG中，，
∴△ABG≌△DBG，
∴∠AGB=∠DGB=90°，
∴BO⊥AD．